Incorporado en 1939 como profesor auxiliar, opositó a la cátedra en 1941. Tras esa convocatoria Antonia Martínez Casado abandonó la cátedra, quedando San Román como profesor encargado. En 1944 ingresó en el Cuerpo de Médicos de Aguas Minero-Medicinales y, en una nueva oposición en 1947, ganó la cátedra de Hidrología Médica. El antiguo proyecto de creación de un instituto que cubriese las funciones de escuela de especialización y centro de investigación fue parcialmente satisfecho por el Consejo Superior de Investigación Científica al transformar contracorriente la sección de Hidrología existente en el Patronato "Santiago Ramón y Cajal" en el Instituto "Alfonso de Limón Montero" en 1952, cuya dirección pasó a ocupar. No obstante, los enfrentamientos con García Ayuso llevaron a una manifiesta separación entre cátedra/instituto y Cuerpo/Sociedad. Procedente San Román de la investigación en radiología y cáncer, consolidó también en el instituto y en la cátedra nuevas líneas de investigación en reumatología y mantuvo la hidrología experimental en una época de precariedad económica en la institución.
Metabolismo y rayos X : modificaciones que experimentan los componentes de la sangre y orina en los cancerosos sometidos a la acción de los rayos X / José de San Román y Rouyer
Tesis inédita de la Universidad Central (Madrid), Facultad de Medicina, 1931
La hidrología experimental y su aplicación al aparato digestivo / José San Román
En: Tercer Congreso Español de Patología Digestiva y de la Nutrición, Madrid, 1942
Importancia de la cura balnearia en los tiempos actuales / José San Román
En: Clínica y laboratorio, tomo XXXIII, 1942
Ensayos de hidrología experimental / José San Román
En: Medicina, Año XI, diciembre de 1943, Num 6 (I)
Oficio, del rector de la universidad de Madrid, al decano de la Facultad de Medicina de fecha 18 de diciembre de 1945, dando traslado de la comunicación del director general de enseñanza universitaria acerca de la implantación de cursos monográficos en la Facultad de Medicina, en el que no figura el de Hidrología Medica al no ser catedrático numerario, en esa fecha el Dr. José San Román Rouyer.
Archivo de la Facultad de Medicina
Hidrología médica / por José de San Román y Rouyer
Barcelona [etc.] : Salvat, 1945
"El Doctor Alfonso Limón Montero. Su vida y su obra" / Antonio Castillo de Lucas
En: Anales Hispanoamericanos de Hidrología Médica y Climatología / Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Madrid : Consejo Superior de Investigaciones Científicas, 1954-1958
History of the International Society of Medical Hydrology and Climatology (1922-1966) / M. Messini, with the collaboration of B. Massina and L. Dann Treves
Pisa : Nistri-Lischi, imp. 1966