Una de las colecciones más notables de la Biblioteca Complutense es la que reune los manuscritos pertenecientes a la Universidad, desde los códices medievales que adquirió el cardenal Cisneros para dotar la biblioteca del Colegio Mayor de San Ildefonso hasta los manuscritos de los siglos XIX y XX, de muy diversas materias y procedencias. Para favorecer la difusión y la utilización de estos valiosos fondos por parte de los investigadores, la Biblioteca Histórica ha publicado, dentro de su página web, una nueva sección dedicada a su colección de manuscritos.