La Universidad Complutense de Madrid es heredera de las diversas instituciones y establecimientos educativos que conformaron la enseñanza universitaria madrileña en los últimos cinco siglos, y su historia explica la procedencia y características de las colecciones bibliográficas que integran su biblioteca.
El Colegio Mayor San Ildefonso, fundado por el Cardenal Cisneros en Alcalá de Henares a finales del siglo XV, tuvo una importante biblioteca que el propio Cardenal se preocupó de dotar de acuerdo a las enseñanzas impartidas y a la necesidad de fuentes para la edición de la Biblia Políglota Complutense. En torno al Colegio Mayor pronto empezaron a fundarse nuevos colegios menores con surtidas bibliotecas. Todas ellas fueron transferidas a la Universidad de Madrid cuando se llevó a cabo su creación en 1836.
El Colegio Imperial de los Jesuitas, fundado en Madrid en 1609 fue, debido a la ausencia de universidad en la capital, el centro más importante de enseñanza de la nobleza madrileña hasta la expulsión de la Compañía de Jesús en 1767. Desde su fundación se puso un especial interés por reunir una biblioteca bien dotada con tratados y obras científicas de todas las materias lo que la convirtió en una de las bibliotecas más importantes de Madrid en la época de los Austrias. Tras la expulsión de los Jesuitas, el Colegio pasó a denominarse Reales Estudios de San Isidro el cual, en el año 1845 y con la reforma del Plan Pidal, se incorporó a la Universidad Literaria de Madrid.
El Real Colegio de Cirugía de San Carlos, fundado por Carlos III en 1785, fue el centro más importante de enseñanzas médicas en España hasta su conversión en Facultad de Medicina en 1843. En 1799 se unió al Real Estudio de Medicina Práctica y las bibliotecas de ambas instituciones, de cuya formación se había tenido siempre un especial cuidado, se fusionaron formando una riquísima biblioteca.
Junto a estas tres grandes instituciones otros centros se unieron también a la Universidad y junto a ellos sus bibliotecas: el Real Colegio de Farmacia de San Fernando, la Escuela de Veterinaria, la Escuela Superior de Diplomática o la Escuela Superior de Pintura, Escultura y Grabado.
Además de estas instituciones que forman parte de la historia de la Universidad, muchas otras aportaron fondos bibliográficos a la Biblioteca Complutense. Destacan, en primer lugar, los colegios y centros de formación de la Compañía de Jesús diseminados por toda Europa y América, que mantuvieron un estrecho contacto con el Colegio Imperial de Madrid. También se conservan ejemplares procedentes de instituciones religiosas de todo tipo (conventos, monasterios, abadías, congregaciones, etc.), instituciones académicas ajenas a la Universidad Complutense, bibliotecas públicas, asociaciones cívicas o culturales, etc.
