El núcleo fundacional de la Biblioteca Complutense se encuentra en la colección que el Cardenal Cisneros creo en el Colegio Mayor de San Ildefonso, fundado en la ciudad de Alcalá de Henares en 1499, pues uno de sus objetivos fue la creación dentro del Colegio de una Biblioteca que nutriese todo el trabajo intelectual desarrollado en la institución. Para el conocimiento de los libros que adquirió el Cardenal para la nueva Biblioteca es fundamental el documento archivístico conservado en la Biblioteca Nacional, que es la relación contable de los gastos efectuados por la compra de libros entre 1496-1509. En este documento se relacionan 799 títulos, de los cuales más de 300 ejemplares, entre manuscritos e impresos,  se conservan en nuestra Biblioteca Histórica. De la existencia de una Biblioteca en el Colegio Mayor de San Ildefonso también dan cuenta  sus primeras Constituciones, que datan de 1510, pues, además, de las prerrogativas y obligaciones de rectores, consiliarios, colegiales y capellanes, reglas sobre la vida común de los colegiales, planes de estudio, también se establecen normas sobre biblioteca y archivo (Capítulo XXII, De libraría Collegii).

El fondo librario ildefonsino versaba sobre religión, teología y filosofía, medicina, derecho canónico y civil, autores clásicos greco-latinos, libros en lengua romance…

Concedida la licencia papal para impartir enseñanzas en el nuevo Colegio Mayor, pero no iniciadas las clases todavía, a partir de 1502 comienza Cisneros los trabajos para llevar a cabo la edición de la Biblia en sus lenguas originales. Para esta gran obra intelectual convocó a los que habrían de dirigirla y elaborarla: Antonio de Nebrija, Diego López de Zúñiga y Alonso de Alcalá, entre otros.

 

La Biblia Políglota Complutense se imprimió entre 1515 y 1517, pero no se distribuyó hasta 1520. Esta gran obra es reflejo de la nueva actitud renacentista ante la ciencia teológica en la Universidad de Alcalá.

La obra de la Políglota no se puede considerar sin el trabajo de imprenta de Arnao Guillén de Brocard, que realizó aquí uno de los alardes tipográficos más notables de toda la historia de la imprenta. Con Arnao Guillén de Brocard se inicia una dinastía de impresores complutenses ligados a las tareas universitarias. También se instalan en Alcalá otros impresores venidos de diferentes puntos de España y del extranjero. Estos, durante los siglos XVI a XVIII, imprimen los libros de texto y los que versan sobre la vida universitaria.

La decadencia de la Universidad de Alcalá y, por tanto, de su Biblioteca empezó en el siglo XVII. Paradójicamente en este siglo se produce el surgimiento y desarrollo de otras instituciones de enseñanza en Madrid, como el Colegio Imperial de la Compañía de Jesús que impartía entre otras materias, teología, filosofía, ciencias  y que contó entre sus alumnos más ilustres a Lope de Vega, Quevedo y Calderón. El Colegio Imperial formó la más importante biblioteca de la Villa y Corte hasta el siglo XVIII, constituida por materiales de estudio, legados de diversos benefactores y documentos varios de Jesuitas allí reunidos. Buena parte de esta biblioteca se encuentra hoy dividida entre la Universidad Complutense y la Real Academia de la Historia.

El siglo XVIII, marcado por la ideología de la Ilustración trajo reformas en la enseñanza superior, desarrollándose las enseñanzas prácticas como la medicina, cirugía, farmacia, etc. Así en 1725, Felipe V funda dentro del Colegio Imperial, el Real Seminario de Nobles y suprimida la Compañía de Jesús en 1767, Carlos III refunda Los Reales Estudios de San Isidro en 1770, como continuación de las enseñanzas que allí se cursaban y que completa con la fundación en 1780 del Real Colegio de Cirugía de San Carlos, al que en 1799 se incorporó el Estudio de Medicina Práctica, constituyéndose el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos instalado en el Hospital del mismo nombre y poseedor de una rica biblioteca especializada. En 1792 se crea la Escuela de Veterinaria, instalada en un primer momento extramuros de Recoletos, para las enseñanzas sanitarias para la ganadería, pero muy especialmente para la caballería, base del ejército y del transporte y en 1806 se funda el Real Colegio de Farmacia de San Fernando, que iría formando una notable biblioteca especializada en Historia Natural, Botánica y Química.

Frente a este florecimiento de los centros de enseñanza de Madrid, el deterioro de la Universidad de Alcalá había sido progresivo, ello llevó, tras la reforma educativa propuesta en las Cortes de Cádiz, a plantear su supresión e instalación en Madrid. Después de varios intentos fallidos, fue en 1836, durante la regencia de Isabel II,  cuando  la Universidad se trasladó de Alcalá a Madrid y en 1841 cuando lo haría su Biblioteca.