El Códice de Federico II presenta grandes paralelismos con el Vindobonensis 93 de la ÖNB (Viena), tanto a nivel textual como iconográfico, debiendo derivar ambos de un modelo común desaparecido, de manufactura bizantina y del siglo VI. El Códice de Federico II cuenta con unas 400 imágenes, de las que unas 200 se dedican a simples medicinales de origen vegetal y animal, otras 150 a la aplicación médica de los preparados medicamentosos a distintos pacientes, y las restantes a retratos de autores, vistas de ciudades y escenas mitológicas. Existe una relación bastante estrecha entre imágenes y texto. 

Del corpus figurativo, la parte más original y singular es la referida a la aplicación terapéutica de los distintos preparados medicamentosos. En estas escenas participan en la atención médica mujeres y hombres, demostrando que en la medicina medieval anterior al desarrollo de la universidad la limitación de las mujeres para participar en esta actividad no existía. Además, el manuscrito es seguramente de manufactura siciliana, lo que justifica la intensa presencia de mujeres en actividades sanitarias. En la mitad sur de Italia, desde Salerno y Nápoles hasta Calabria, más la isla de Sicilia, la limitación de las mujeres a ejercer la medicina fue menor que en otros lugares, incluso en pleno proceso de consolidación universitaria (siglos XII-XIII en adelante). Así, un siglo después de la realización del Códice de Federico II, en el XIV, sabemos de la existencia de prestigiosas médicas salernitanas, como Abella (autora de un libro sobre generación humana), Mercuriade (autora de un libro sobre cirugía) y Rebeca de Guarna (autora de escritos sobre fiebre, orina y embrión), así como profesoras de medicina de la Universidad de Nápoles, como Constanza Calenda.

El Códice de Federico II, en latín, es uno de los muchos compendios o misceláneas, con vocación enciclopédica, de intensa circulación en la Edad Media, donde la idea de la autoría única queda en segundo plano, y donde se reúne todo el conocimiento sobre un tema, sin hacer diferencias entre autores de primera y segunda línea, sin distinguir entre el autor original y los de su escuela o los imitadores, y donde se mezclan personas reales con dioses grecorromanos relacionados con la medicina. Así, en este libro se reúnen textos pseudo-hipocráticos, el Herbario del Pseudo Apuleyo (que en ocasiones ha dado nombre al códice), un libro de medicina de Sexto Plácido Papirense, y el De herbis femeninis del Pseudo Dioscórides, más otros textos de menor extensión, y una carta de cierre atribuida a Apolo que trata de emplastos para la podagra o gota.

El manuscrito, como otros compendios médicos de la época, recoge y reelabora la tradición grecorromana, a la que se suman influjos bizantinos y árabes. Y es que en Sicilia, en época de Federico II, hubo un rico desarrollo científico, alentado por la presencia de autores que escribían en griego, árabe y latín.  En aquella cosmopolita corte, no solo se elaboró este suntuario códice, sino que también circularon intensamente otros escritos médicos, como el Libro de simples del salernitano Mateo Plateario, del que también hay facsímil en la Biblioteca de Farmacia UCM y que mostramos en las vitrinas de esta exposición.