Especialmente significativa, por ser una de sus principales riquezas, es la colección de libros del siglo XVI, con más de 13.000 volúmenes. Destacar algunas de las piezas sería interminable o parcial, por lo que sólo señalaremos, por su significación para esta Universidad, la existencia de varios ejemplares de la Biblia Políglota Complutense. De gran riqueza son también los fondos de los siglos XVII y XVIII. Del primero, a pesar de la relativa escasez de obras literarias, se encuentra algún ejemplar único en España, como la Segunda parte de las comedias, de Pedro Calderón de la Barca (Madrid, 1637). El fondo, sin embargo, es muy abundante en obras de Derecho, Teología, Geografía, Matemáticas, Medicina, etc. Del siglo XVIII, aparte de contar con las más célebres producciones de la imprenta española de Ibarra, Sancha, Monfort y otros, es excepcional la colección de obras científicas y médicas extranjeras.