El núcleo fundacional de la Biblioteca Complutense se encuentra en la colección que el Cardenal Cisneros creo en el Colegio Mayor de San Ildefonso, fundado en la ciudad de Alcalá de Henares en 1499, pues uno de sus objetivos fue la creación dentro del Colegio de una Biblioteca que nutriese todo el trabajo intelectual desarrollado en la institución. Para el conocimiento de los libros que adquirió el Cardenal para la nueva Biblioteca es fundamental el documento archivístico conservado en la Biblioteca Nacional, que es la relación contable de los gastos efectuados por la compra de libros entre 1496-1509. En este documento se relacionan 799 títulos, de los cuales más de 300 ejemplares, entre manuscritos e impresos, se conservan en nuestra Biblioteca Histórica. De la existencia de una Biblioteca en el Colegio Mayor de San Ildefonso también dan cuenta sus primeras Constituciones, que datan de 1510, pues, además, de las prerrogativas y obligaciones de rectores, consiliarios, colegiales y capellanes, reglas sobre la vida común de los colegiales, planes de estudio, también se establecen normas sobre biblioteca y archivo (Capítulo XXII, De libraría Collegii).

El fondo librario ildefonsino versaba sobre religión, teología y filosofía, medicina, derecho canónico y civil, autores clásicos greco-latinos, libros en lengua romance…

Concedida la licencia papal para impartir enseñanzas en el nuevo Colegio Mayor, pero no iniciadas las clases todavía, a partir de 1502 comienza Cisneros los trabajos para llevar a cabo la edición de la Biblia en sus lenguas originales. Para esta gran obra intelectual convocó a los que habrían de dirigirla y elaborarla: Antonio de Nebrija, Diego López de Zúñiga y Alonso de Alcalá, entre otros.

La Biblia Políglota Complutense se imprimió entre 1515 y 1517, pero no se distribuyó hasta 1520. Esta gran obra es reflejo de la nueva actitud renacentista ante la ciencia teológica en la Universidad de Alcalá.

La obra de la Políglota no se puede considerar sin el trabajo de imprenta de Arnao Guillén de Brocard, que realizó aquí uno de los alardes tipográficos más notables de toda la historia de la imprenta. Con Arnao Guillén de Brocard se inicia una dinastía de impresores complutenses ligados a las tareas universitarias. También se instalan en Alcalá otros impresores venidos de diferentes puntos de España y del extranjero. Estos, durante los siglos XVI a XVIII, imprimen los libros de texto y los que versan sobre la vida universitaria.

La decadencia de la Universidad de Alcalá y, por tanto, de su Biblioteca empezó en el siglo XVII. Paradójicamente en este siglo se produce el surgimiento y desarrollo de otras instituciones de enseñanza en Madrid, como el Colegio Imperial de la Compañía de Jesús que impartía entre otras materias, teología, filosofía, ciencias y que contó entre sus alumnos más ilustres a Lope de Vega, Quevedo y Calderón. El Colegio Imperial formó la más importante biblioteca de la Villa y Corte hasta el siglo XVIII, constituida por materiales de estudio, legados de diversos benefactores y documentos varios de Jesuitas allí reunidos. Buena parte de esta biblioteca se encuentra hoy dividida entre la Universidad Complutense y la Real Academia de la Historia.

El siglo XVIII, marcado por la ideología de la Ilustración trajo reformas en la enseñanza superior, desarrollándose las enseñanzas prácticas como la medicina, cirugía, farmacia, etc. Así en 1725, Felipe V funda dentro del Colegio Imperial, el Real Seminario de Nobles y suprimida la Compañía de Jesús en 1767, Carlos III refunda Los Reales Estudios de San Isidro en 1770, como continuación de las enseñanzas que allí se cursaban y que completa con la fundación en 1780 del Real Colegio de Cirugía de San Carlos, al que en 1799 se incorporó el Estudio de Medicina Práctica, constituyéndose el Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos instalado en el Hospital del mismo nombre y poseedor de una rica biblioteca especializada. En 1792 se crea la Escuela de Veterinaria, instalada en un primer momento extramuros de Recoletos, para las enseñanzas sanitarias para la ganadería, pero muy especialmente para la caballería, base del ejército y del transporte y en 1806 se funda el Real Colegio de Farmacia de San Fernando, que iría formando una notable biblioteca especializada en Historia Natural, Botánica y Química.

Frente a este florecimiento de los centros de enseñanza de Madrid, el deterioro de la Universidad de Alcalá había sido progresivo, ello llevó, tras la reforma educativa propuesta en las Cortes de Cádiz, a plantear su supresión e instalación en Madrid. Después de varios intentos fallidos, fue en 1836, durante la regencia de Isabel II, cuando la Universidad se trasladó de Alcalá a Madrid y en 1841 cuando lo haría su Biblioteca.

El traslado de la Biblioteca se hizo por etapas. Primero se trasladó la Biblioteca del Colegio Mayor de San Ildefonso que, para esa época estaba muy mermada y atrasada, colocándose unos 3.000 volúmenes en una sala del convento de las Salesas Nuevas, donde estaba la Universidad y luego las de los Colegios Menores. En 1842 la Universidad se traslada al edificio del Noviciado de Jesuitas, en la calle de San Bernardo y entre 1848 y 1849 lo haría la Biblioteca.

El Plan de Estudios de José Pedro Pidal (1845), pieza clave en la reforma de las enseñanzas, aglutina dentro de la Universidad de Madrid, llamada ahora Literaria, a todos los establecimientos de enseñanza superior de Madrid, convirtiéndoles en facultades mayores: Teología, Jurisprudencia (Colegio Mayor de San Ildefonso y colegios menores), Medicina (Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos), Farmacia (Real Colegio de Farmacia de San Fernando) y unos estudios superiores de Filosofía y Ciencias (Reales Estudios de San Isidro). Cada uno de estos establecimientos tenía su biblioteca, que, en principio, era la que poseían cuando eran independientes. El Reglamento de la Universidad de 1847 establece la figura del bibliotecario general, nombrado por el rector, y de los jefes locales para cada una de las bibliotecas de las facultades. También se regula el préstamo, los índices (de autores y obras anónimas y de materias) y los horarios. Por R.O. de 1849 se establece para cada Universidad, Comisiones que tienen como finalidad la mejora de las colecciones bibliográficas.

En 1850, la Universidad pasa a llamarse Universidad Central y a raíz de la Ley Moyano de 1857 se crea la Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales que no poseería biblioteca propia hasta más tarde, utilizando sus alumnos y profesores las del Museo de Ciencias Naturales y Real Jardín Botánico. La Biblioteca queda estructurada en las bibliotecas, pertenecientes a las facultades establecidas en la Universidad: Filosofía y Letras; Farmacia; Medicina; Derecho y Teología; Museo de Ciencias Naturales y Real Jardín Botánico. También a raíz de esta ley, se crea por decreto de 17 de julio de 1858 el Cuerpo Facultativo, llamado a partir de 1867, Cuerpo Facultativo de Archiveros, Bibliotecarios y Anticuarios y la Junta Superior Directiva de Archivos y Bibliotecas, pasando las bibliotecas públicas, entre ellas la de la Universidad Central, a estar bajo su autoridad, perdiendo la dependencia directa de los rectores.

La segunda mitad del siglo XIX viene marcada por la ideología krausista y los vaivenes políticos que también se dejan sentir en la Universidad y en lo que respecta a la Biblioteca, al finalizar el siglo, la R.O. de 6 de mayo de 1897 dispone su disgregación en los distintos establecimientos que la componían que pasan a ser autónomos.

El siglo XX empieza con una serie de hitos para la Biblioteca de la Universidad. Primero, fue la publicación del Reglamento para el régimen y servicio de las Bibliotecas Públicas del Estado (1901), en el que se incluyen las universitarias; más tarde, la aprobación del Estatuto de la Universidad en 1919, en el que se dedican sendos artículos a las bibliotecas.

La construcción de la Ciudad Universitaria en 1927, en uno de cuyos primeros proyectos la Biblioteca figuraba como una unidad de toda la composición arquitectónica, pero que luego no se hizo realidad, el Decreto de 14 de enero de 1932 que supone un nuevo marco jurídico para las bibliotecas, el nombramiento, también en 1932, de Javier Lasso de la Vega como Director de la misma y la publicación en 1933 del Reglamento de la Biblioteca Universitaria, marcan la verdadera explosión de la Biblioteca Universitaria en todos sus aspectos.

Javier Lasso de la Vega termina con la división de la Biblioteca, instaura las juntas de jefes, para una mejor coordinación de las bibliotecas, y establece una gestión con un presupuesto de la Universidad y del Estado, organiza los servicios públicos (adquisición y préstamo, implantado en 1932) y los servicios técnicos (catalogación según la nueva normativa y la clasificación según el sistema de la CDU), las colecciones aumentan más que por las compras por las donaciones y por el servicio de intercambio, así como por las obras procedentes del Registro de la Propiedad Intelectual. En cuanto a extensión universitaria fue fundamental la creación del Seminario de Biblioteconomía que se reúne en el Pabellón Valdecilla y la creación de la Asociación de Bibliotecarios y Bibliógrafos de España y su órgano de expresión el Boletín de Bibliotecas y Bibliografía.

La primera biblioteca que se traslada desde el Instituto de San Isidro de la calle de Toledo al nuevo edificio de la facultad en la Ciudad Universitaria es la de Filosofía y Letras (1933), las otras permanecen dispersas por Madrid: la de Medicina en San Carlos, calle de Atocha nº 104; la de Farmacia en la calle de la Farmacia nº 11; la de Derecho junto al Archivo Universitario en la calle de San Bernardo, ocupando el Pabellón Valdecilla, inaugurado en 1928, y la de Ciencias en la calle de San Bernardo nº 11. En cuanto al personal, hay facultativos o técnicos, administrativos que realizan la copia de papeletas para los distintos catálogos, los ordenanzas que hacen la limpieza y sirven los libros al público y becarios y estudiantes voluntarios. Toda esta gran evolución queda truncada al estallar la Guerra Civil en 1936.

Las consecuencias de la Guerra fueron tremendas, sobre todo para la biblioteca de Filosofía y Letras al encontrarse la facultad en la primera línea de fuego de la Ciudad Universitaria. Muchos de los libros de la biblioteca desaparecieron, pasto de las llamas y de los bombardeos y otros quedaron seriamente deteriorados. Al terminar la contienda, muchos de los bibliotecarios que habían sobrevivido, tras los expedientes de depuración, fueron apartados del servicio y otros se exiliaron.

Los años 40 y 50 son de reconstrucción y de intentar volver a la normalidad, aunque con muchas dificultades por la falta de presupuesto y de personal. Una nueva Ley de Ordenación Universitaria entró en vigor en 1943, a raíz de la que la Universidad Central pasó a denominarse Universidad de Madrid. En la Biblioteca se fueron introduciendo tímidamente algunas novedades, como la sección de frecuentes o el servicio de información bibliográfica. La escasa dotación presupuestaria llevó a buscar otras fuentes de financiación como el establecimiento de la tasa de 2’50 pesetas quincenales para poder optar al servicio de préstamo.

A la Biblioteca se incorporan 2 nuevos establecimientos al crearse las facultades de Ciencias Políticas y Económicas y Veterinaria (esta última heredera de la Escuela de Veterinaria poseedora de una rica biblioteca).

La falta de presupuesto incide en la compra de libros y por tanto en la obsolescencia de las colecciones, por otra parte, la falta de locales e instalaciones incide en la atomización de la Biblioteca en multitud de puntos de servicio (bibliotecas de departamentos, cátedras, seminarios, etc.) que debido a la escasez de personal no pueden atenderse debidamente.

Como consecuencia de la reforma educativa de la Ley General de Educación de 1970, la Universidad toma el nombre definitivo de Universidad Complutense.

En este periodo hay que destacar la dirección de Fernando Huarte, que supuso importantes cambios estructurales y organizativos, sentando las bases de la Biblioteca Complutense actual. Al aumentar el número de facultades lo hizo también el de bibliotecas, agudizando el problema de la dispersión.

El Reglamento de 1979 (publicado en 1980) fue un claro intento de reorganización y supuso un importante avance en la estructura, organización y servicios de la Biblioteca.

Otros hechos importantes de esta época fueron la creación de la Escala de Auxiliares de Archivos, Bibliotecas y Museos de la Universidad (por la que se incorporaron, en 1979 y 1981 respectivamente, funcionarios especializados de la Universidad a la Biblioteca) y la publicación tanto de la Ley de Reforma Universitaria de 1983 (LRU) como de los Estatutos de la Universidad Complutense de 1985, en los que aparecía regulada la Biblioteca en su título VIII, art. 140.

Se inició entonces un proceso de unificación y coordinación a través de Comisiones Técnicas que, además de fomentar el trabajo en equipo, establecían una cierta coordinación de trabajos técnicos (estadísticas, registro, catalogación, normalización, etc.). La Biblioteca se integró en los órganos de la Universidad (Junta de Gobierno, Junta de Facultad y Comisión de Biblioteca) y se fueron implantado nuevos servicios como el libre acceso, la formación de usuarios (creación del bibliotecario de sala), el buzón de sugerencias, carteles y guías informativas de las bibliotecas. En esta etapa de prosperidad, con la llegada de más financiación, se mejoraron las infraestructuras y se crearon nuevos edificios.

También en estos años empezaron los primeros estudios para la automatización de la Biblioteca, hecho que no se materializaría hasta 1991, comenzando en dos bibliotecas de facultad (la de Geografía e Historia y la de Ciencias Económicas) y culminando en 1992, instaurándose en todas las demás. La liberación de las tareas rutinarias renovó el concepto de Biblioteca, poniendo el foco de atención en la calidad de los servicios (como el apoyo a la docencia e investigación) más que en los procesos internos.

En 1997 la BUC puso en funcionamiento su primer servidor de información desde el cual, además de acceder al catálogo, se podía acceder a otros servicios en línea. Se desarrollaron entonces programas propios, como la base de datos de sumarios de revistas Compludoc, y se iniciaron proyectos de digitalización, como el proyecto Dioscórides. El trabajo en cooperación cristalizó con la integración de la Biblioteca en REBIUN, en GEUL (luego GEUIN) y, posteriormente, en el Consorcio Madroño.

En 1999 se logra la centralización del patrimonio bibliográfico, hasta entonces disperso en las facultades, en el remodelado pabellón Valdecilla, que pasó a ser Biblioteca Histórica “Marqués de Valdecilla”.

El comienzo del siglo XXI vino marcado por el esfuerzo de la Biblioteca para adaptarse a los nuevos retos de la oferta educativa y de gestión académica del Espacio Europeo de Educación Superior, recogidos en la Ley Orgánica de Universidades de 2001 (LOU) y en los nuevos Estatutos de la Universidad (2003) junto a aquellos derivados de la relevancia de las tecnologías de la información y comunicación.

Como respuesta a estos retos, la gestión de la Biblioteca comienza a realizarse a través de planes estratégicos que trajeron consigo el desarrollo de acciones como la certificación de calidad por la ANECA en 2006 (tras un proceso de evaluación tanto interna como externa), un nuevo Reglamento (aprobado en 2006), el desarrollo de la web y otros portales de información, o la presencia en redes sociales, así como el desarrollo de proyectos de digitalización como los de Google y Europeana Libraries.

En estos años se desarrollaron los servicios que hoy forman parte de la oferta básica de la Biblioteca Complutense como el préstamo interbibliotecario gratuito para toda la comunidad universitaria, la reserva y renovación de préstamos en línea, el préstamo de portátiles, o el acceso a los recursos electrónicos y bases de datos ¡desde casa! Todos estos servicios suponían una gran novedad en torno al año 2005. Además, se pusieron en marcha el Archivo Institucional E-Prints (del que es heredero el Repositorio Institucional Docta Complutense) y el Portal de Revistas Científicas Complutenses, y comenzó la publicación electrónica de los boletines informativos: Pecia (Boletín de la Biblioteca Histórica "Marqués de Valdecilla"), La Biblioteca Informa y La Biblioteca Informa al Bibliotecario, precursores de nuestros blogs.

La apertura de la biblioteca María Zambrano en 2011 supuso la ampliación de la oferta de puestos de lectura y otros servicios, en consonancia con las demandas de aprendizaje e investigación de la comunidad universitaria.

Actualmente, la Biblioteca sigue apoyando a la Universidad en sus objetivos de formar profesionales, promover la investigación científica y difundir el conocimiento.