Las permanentes relaciones entre la Universidad y la sociedad han hecho que el Archivo General conserve no solo los documentos producidos por la propia Complutense, sino también por otras instituciones que, con el tiempo, se han incorporado a nuestro patrimonio documental. Algunas tuvieron una vida relativamente efímera o discreta, como la Academia Greco-Latina. Otras, como el Colegio Imperial o los Reales Estudios de San Isidro, jugaron un papel esencial en la sociedad de su tiempo.
También se conservan archivos personales como los de los médicos Estanislao Lluesma y Elisa Soriano, el farmacéutico Rafael Folch o el industrial vasco Enrique Echeverría, cuya relación con la Universidad nos resulta todavía completamente desconocida.