La guerra civil ha sido quizá el episodio más traumático para la Universidad Complutense. En un momento de florecimiento de la actividad cultural y académica, la guerra primero paralizó y después destrozó la Universidad. La Ciudad Universitaria, convertida en campo de batalla, quedó arrasada, los profesores y el personal dispersos, la actividad académica y administrativa paralizadas.

La reconstrucción, eficaz en lo material, supuso una quiebra en lo académico de la que tardaría mucho tiempo en recuperarse. Había nacido una nueva Universidad edificada sobre otros presupuestos ideológicos.