La Escuela Superior de Diplomática se creó por Real Decreto de 7 de octubre de 1856, estableciendo su sede en la Real Academia de la Historia. Pero al incorporarse a la Universidad Central por la Ley de Instrucción Pública de 1857 cambió su sede al Instituto de San Isidro. Su finalidad era la de proporcionar una formación en el uso de las fuentes instrumentales históricas a los que habían de hacerse cargo de los archivos y bibliotecas. Los titulados podían acceder por este procedimiento a un puesto de ayudantes terceros en el Cuerpo Facultativo de Archiveros y Bibliotecarios, creado en 1858, puesto desde el que podían ascender en la escala administrativa hasta los de directores de centros.

La Escuela Superior de Diplomática es durante casi medio siglo la única institución docente que en España proporciona una formación erudita a los historiadores, y al finalizar el siglo XIX los profesores universitarios -en especial los historiadores del Derecho- creen llegado el momento de modernizar sus enseñanzas incorporándoles plenamente a la Universidad. En 1900 se suprimió la Escuela de Diplomática incorporando sus enseñanzas y profesorado a la Facultad de Filosofía y Letras, pudiendo así crearse dentro de la misma la sección de Historia.

La Escuela de Nobles Artes de la Academia de San Fernando se convertirá, en un proceso paralelo al que hemos visto para otras instituciones, tras la Ley de Instrucción Pública de 1857, en la Escuela Superior de Pintura, Escultura y Grabado, quedando, como las otras escuelas superiores, incorporada a la Universidad Central; mantuvo su sede en los mismos locales de la Academia, en la calle de Alcalá, número 19, pues conservó siempre una gran vinculación con esa docta corporación. En la época de referencia los Madrazo imponían sus directrices artísticas en la Escuela, y formaban parte del profesorado nombres conocidos como los de Esquivel, Haes, Rivera, Elías, Piquer, Espalter, etc.

En el siglo XIX la Escuela recibe varios Reglamentos y planes de estudios, siendo el más significativo el de 1871. Las dependencias administrativas de la Escuela, desde 1857, han sido varias, y en la última posguerra de este siglo dependía de la Dirección General de Bellas Artes. Mantuvo su localización en la Academia hasta 1967, y en 1978 se convirtió en Facultad universitaria.

Es notable la colección de unos 300 dibujos procedentes de trabajos de alumnos de la Escuela, en su mayor parte del siglo XVIII, de los que aquí pueden verse dos muestras.