La Universidad de Alcalá y los Reales Estudios de San Isidro impartían, como hemos podido comprobar, enseñanzas sobre materias científicas. En la Universidad Literaria de Madrid, tras la aprobación del Plan Pidal de 1845, los estudios de Ciencias se cursan en la Facultad de Filosofía, donde existen las Secciones de Ciencias Físico-Matemáticas y de Ciencias Naturales, en las que hay asignaturas de Aritmética y Geometría, elementos de Física experimental, nociones de Química, Álgebra, Trigonometría rectilínea, Topografía, e Historia Natural (comprendiendo Mineralogía, Zoología y Botánica).

La Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales se crea como consecuencia de la Ley de Instrucción Pública de 1857. Su instalación debió ser bastante precaria, repartida entre el edificio del Noviciado y el Instituto de San Isidro, falta de los más elementales laboratorios (aunque dotada de una colección de instrumentos, carente de ámbitos para su utilización), que suplieron con el uso de los del Museo de Ciencias Naturales, el Jardín Botánico y el Observatorio Astronómico. Las dos primeras instituciones citadas dependían administrativamente de la Universidad desde 1847, y en sus locales se celebraron también habitualmente las lecciones de clases prácticas de la Facultad que los requerían. Sin embargo, muy poco después de su creación era una de las facultades con mayor número de asignaturas, divididas en las tres secciones que se reflejan en su primitiva denominación, aunque ya en 1859 se llamará Facultad de Ciencias simplemente.

No sabemos que tuviera biblioteca, hasta muy avanzada la segunda mitad del siglo XIX, excepto la del Museo de Ciencias Naturales, que era notable. Sin embargo, se cuidó especialmente la adquisición y conservación de especímenes, muestras, objetos o instrumentos para las clases prácticas, tales como una colección de minerales de la Península Ibérica, diversas especies de plantas cultivadas en la huerta del Noviciado, la colección zoológica, o los instrumentos del gabinete de física, instalados de modo a veces no muy adecuado para su estudio en el mencionado edificio del Noviciado.

Miguel Colmeiro, Vicente Cutanda, Laureano Pérez Arcas, Manuel Rico y Sinobas, Ramón Torres Muñoz, Juan Cortázar, Juan Vilanova y Piera, entre otros, se encuentran entre los catedráticos de la Facultad en sus primeros años, y aquí pueden verse algunos de los libros de texto de sus respectivas asignaturas de uso obligatorio por sus alumnos.

La estructura básica de la Facultad de Ciencias se mantuvo desde la época de su creación hasta hace unos veinticinco años, en que se dividió en cinco facultades.