Al parecer, el joven Gonzalo Ximénez de Cisneros (que luego trocaría su nombre por el de Francisco, al ingresar en la Orden franciscana) inició su carrera eclesiástica en el estudio de Alcalá, del que pasaría a Salamanca para graduarse en Derecho Canónico; abandonada esta carrera, al cabo de los años, para hacerse fraile menor, vuelve a alcanzar una posición elevada, gracias a la intervención del Cardenal Mendoza, su predecesor en el arzobispado de Toledo, al ser nombrado para ocupar la sede primada en 1495. Se trataba del puesto de mayor poder político y social de la España de la época, después del de los reyes, y Cisneros supo asumirlo con gran austeridad y dignidad, emprendiendo numerosas reformas en distintos terrenos.

Apenas tres años después de su elevación al primado, Cisneros envía al Papa Alejandro VI sus ruegos para fundaren Alcalá de Henares un estudio en el que, a diferencia de los existentes, que impartían esencialmente una formación jurídica, se cultivase la Teología, la Filosofía y las Artes Liberales. El 13 de abril de 1499 el español Rodrigo de Borja, papa con el nombre de Alejandro VI, concedió a Cisneros, mediante varias bulas, lo solicitado, autorizándole a fundar en Alcalá un Colegio Mayor que otorgase grados semejantes a los de las Universidades de Salamanca y Valladolid. Las bulas que podemos considerar fundacionales, todas ellas de la mencionada fecha, son las que se conocen, por las palabras con que comienzan, como Etsi cunctos, en la que se facultaba la concesión de grados; Militanti Ecclesiae, que establecía el fuero académico; e Inter caetera, que aprobaba el proyecto de colegio mayor.

Los diez años siguientes fueron de constante actividad constructiva y organizativa, y permitieron que en el curso 1509-1510 se iniciaran las clases. Hubo en esta primera etapa 42 cátedras: seis de Teología, seis de Cánones, cuatro de Medicina, una de Anatomía, una de Cirugía, ocho de Artes, una de Filosofía Moral, una de Matemáticas, cuatro de Retórica, seis de Gramática, y cuatro de Griego y Hebreo.

Las primeras Constituciones por las que se rigió el Colegio Mayor de San Ildefonso aparecieron en 1510, y en ellas queda establecida la autoridad del Rector y sus tres consiliarios, elegidos anualmente la víspera de San Lucas, de los que dependían colegiales, capellanes, estudiantes, etc., en una escala jerárquica perfectamente estructurada. El control de las actuaciones del claustro (formado por Rector y colegiales) lo llevaba a cabo un visitador nombrado por el cabildo de San Justo y Pastor. Las Constituciones se imprimieron por primera vez en 1560, y se reeditaron en 1627 y en 1716, incorporando las sucesivas reformas de los estudios que se fueron elaborando en los siglos XVII y XVIII para adecuarlos a las necesidades de la época.

En las primitivas Constituciones se establecen, además de las prerrogativas y obligaciones de rectores, consiliarios, colegiales y capellanes, normas sobre biblioteca y archivo, reglamentaciones sobre la vida en común de los colegiales, planes sobre los estudios de Artes, Teología, Medicina y Derecho canonico, fijando los grados que se otorgan, directrices sobre visitas, ceremonial, etc.