La fundación cisneriana del Colegio Mayor dedicado a San Ildefonso -uno de los seis que hubo en la España del antiguo régimen, junto a los cuatro de Salamanca y al de Valladolid-, fue concebida desde el principio para ser acompañada de la de otros colegios que carecían de la categoría de mayores, por lo que a veces se denominaron "menores". Al parecer Cisneros concibió la creación de dieciseis colegios para estudiantes pobres, que se sustentarían con las cuantiosas rentas con que había dotado al Colegio Mayor, donde se estudiasen la Teología y las Artes Liberales. En 1513, es decir, muy poco después de entrar en funcionamiento la Universidad, Cisneros había ya decidido la creación de seis nuevos colegios, en general de orden independiente, a diferencia de otros fundados con posterioridad vinculados a las órdenes religiosas, aunque con una cierta dependencia del Mayor, pues a veces se cursaban en ellos los primeros años: el de San Pedro y San Pablo, único vinculado a una Orden, al tratarse de la Franciscana del Fundador, en edificio aledaño al del Colegio Mayor, con Constituciones otorgadas por el propio Cisneros; en el siglo XVIII Nicolás Aniceto Alcolea escribió su historia, y se publicaron sus Constituciones y Estatutos.

El Colegio de la Madre de Dios, conocido como Colegio Teólogo, aunque también destacaron en él los estudios de Medicina, fue sin duda uno de los más importantes, y desde luego el que tuvo mejor biblioteca, habiendo recibido también las Constituciones de Cisneros. El Colegio de Santa Catalina, conocido como de los Artistas (bachilleres en Artes) o de los Físicos. El Colegio de Santa Balbina, en recuerdo del título cardenalicio de Cisneros, también llamado de los Lógicos, porque esta y otras disciplinas filosóficas y teológicas, correspondientes a los primeros cursos de Artes, eran las que allí se cursaban. Los Colegios de San Eugenio y de San Isidoro, de Gramáticos (tanto latinos como griegos), que en el siglo XVII se fundieron en uno solo llamado de San Ambrosio.

A partir del segundo cuarto del siglo XVI, ya tras la muerte del fundador de la Universidad, empiezan a proliferar los colegios de las órdenes religiosas: Dominicos, Franciscanos, Trinitarios Calzados y Descalzos, Cistercienses, Agustinos, Mercedarios Calzados y Descalzos, Jesuitas, Carmelitas Calzados y Descalzos, Clérigos Regulares Menores, Basilios. Quizá convenga destacar de éstos el de los Jesuitas, por su monumentalidad y por su vinculación a la historia religiosa de Alcalá, pues en él se guardaban las veneradas Sagradas Formas, y cómo no, por su biblioteca que rivalizaba con la del Colegio Mayor. También los hubo de las órdenes militares, de fundación real (por Felipe II), como el de San Felipe y Santiago, llamado del Rey, y desde luego de fundación privada, como el de Santiago o de los Caballeros Manriques, el de Santa Catalina Mártir o de los Verdes, el de San Ciriaco y Santa Paula o de Málaga, de fábrica suntuosa, etc.

Aquí pueden verse las Constituciones del Colegio de Málaga publicadas sesenta años después de su aprobación, una
 alegación del Colegio del Rey solicitando el título de Colegio Mayor, las Constituciones que dieron en el siglo XVIII a los Colegios de la Concepción y de San Pedro y San Pablo, y otros documentos.