Concedida la licencia papal para impartir enseñanzas en el nuevo Colegio Mayor, pero no iniciadas todavía las clases, a partir de 1502, comienza a organizar Cisneros los trabajos para llevar a cabo una edición de la Biblia en sus lenguas originales. Para calibrar la importancia del proyecto fijémonos en que la edición oficial romana de la Biblia, de 1471, contenía solo el texto de la Vulgata latina, y aunque el texto hebreo del Antiguo Testamento había sido editado hasta cuatro veces en Italia, y varias veces en forma parcial en la Península Ibérica (en Híjar, Lisboa y Leiría), todavía no existía ninguna edición del texto griego del Nuevo Testamento.

En el año mencionado Cisneros convocó a los que habían de dirigir y elaborar la gran obra: Antonio de Nebrija, el bachiller Diego López de Zúñiga, el comendador Hernán Núñez, y los judíos Pablo Coronel y Alonso de Alcalá, para trazar el plan de trabajo. A ellos se unirían pronto el maestro Gonzalo Gil, Catedrático de Teología, Bartolomé de Castro, profesor de Artes, el griego Demetrio Ducas, y el judío Alonso de Zamora, principal responsable del texto hebreo. Pronto Antonio de Nebrija, la personalidad más prestigiosa del equipo, hubo de abandonarlo, al crearle dificultades su actitud ante el texto bíblico púramente crítica y filológica, peligrando entonces la continuidad de la obra, pero Cisneros, actuando con energía y rapidez, logró zanjar los problemas.

 

La obra de la Políglota es reflejo de la nueva actitud renacentista ante la ciencia teológica en la Universidad de Alcalá.
 Exponente de ello sería el intento de captación del célebre Erasmo de Rotterdam, tanto para la obra de la Políglota como para la docencia; la admiración por el sabio holandés había subido de tono, sin duda, cuando en 1516, en Basilea, apareció su Novum Instrumentum, edición griega del Nuevo Testamenteo que, aunque impresa después de la de Alcalá, aparecía en público antes, y que, pese a que distaba bastante de ser perfecta, estaba realizada con criterios críticos totalmente diferentes.

La Biblia Políglota Complutense se imprimió entre 1514 y 1517, empezando por los tomos quinto y sexto, pero no se distribuyó hasta 1520. Cuando en julio de 1517 el hijo del impresor presentó a Cisneros el último volumen, este exclamó: "Aunque hasta el presente he llevado a cabo muchas empresas duras y difíciles por la nación, nada es más de mi agrado, por lo que debais felicitarme con más efusión, que por esta edición de la Biblia". El ejemplar del tomo V aquí expuesto es testimonio único de una emisión de muy pocos ejemplares impresos en pergamino.

La obra de la Políglota no puede considerarse sin el trabajo de imprenta de Arnao Guillén de Brocar, que realizó aquí uno de los alardes tipográficos más notables de toda la historia del arte de imprimir. Los tipos griegos fueron considerados por Proctor, a fines del siglo pasado, como los más bellos jamás creados, y los hebreos sirvieron de modelo a los de la Biblia Regia, segunda Políglota impresa por Plantino, en Amberes, entre 1569 y 1573 . Aquí puede verse además la magnífica Biblia Hebrea toledana del siglo XIII que sirvió de base para fijar el texto de la Políglota, junto alguno de los trabajos filológicos de Alfonso de Zamora y Pedro Ciruelo basados en la Políglota.