Hijo del descubridor de América y de doña Beatriz Henríquez de Arana, fue un gran humanista, historiador, cartógrafo y sobre todo bibliófilo. En 1494 ingresó en la Corte, junto con su hermano Diego, en calidad de paje del príncipe Juan, tras cuya muerte en 1497, pasó al servicio de la reina Isabel la Católica. Antes de cumplir los veinte años, era ya dueño de una estimable colección de libros recogidos de los de su padre y su tío y de sus compras directas, que prolongará durante toda su vida a través de adquisiciones por toda Europa. Además de los que adquirió personalmente, contó con numerosos colaboradores que le enviaron libros desde las principales ciudades españolas y europeas. Al final de su vida tenía en su biblioteca unos 15.300 libros, además de un importante archivo de documentos relacionado con el descubrimiento de América. Al interés de la colección en sí, que abarcaba posiblemente más de la mitad de todos los libros impresos hasta su época, se añadía el de haber anotado en cada libro el precio, la fecha y el lugar de adquisición, y el de dotarla de unos instrumentos bibliográficos, tablas y registros elaborados por el propio Colón, en que relacionaba en distintos órdenes sus sucesivas adquisiciones. De cada libro anotaba los datos siguientes: título, autor, tamaño, partes de que consta, incipit y explicit, lugar y año de impresión. Al final del asiento agregaba datos sobre el ejemplar concreto, que previamente había anotado en la guarda del libro: la ciudad en que lo había comprado, o quién se lo había regalado, el precio de adquisición y las circunstancias en que lo había leído. La pretensión de Fernando Colón era reunir todos los libros impresos hasta su tiempo, dentro y fuera de España, para de esta forma conservar la memoria histórica y facilitar el trabajo a los estudiosos, lo que sin duda se identifica con la idea de una biblioteca nacional. Cuidó de dar a su biblioteca un carácter institucional, primero instalándola en Sevilla en un edificio adecuado, y luego asegurando a través de su testamento su pervivencia póstuma. Al no aceptar su sobrino y heredero esta carga, pasó la biblioteca a depender, tal como don Fernando había previsto, del cabildo de la Catedral de Sevilla, y allí se conserva aún, algo mermada en sus fondos.