Incunables
La colección de incunables es de especial importancia, con 740 ejemplares. Es la cuarta de España por su número, después de las de la Biblioteca Nacional, Colombina de Sevilla y Universitaria de Barcelona, y la segunda de España en cuanto al número de incunables españoles. Incluye ediciones tan raras como dos de las escasísimas muestras de la primitiva imprenta hispana, de la tipografía de Juan Parix, quizá en Segovia, el Repertorium iuris canonici de Johannes Nicolaus de Millis y los Commentaria in symbolum Atanasii "Quicumque vult" de Pedro de Osma, ambos de hacia 1472-1475.
Procedencia de los incunables
La mayor parte de los ejemplares -casi dos tercios del total- proceden de las instituciones de Alcalá. Al colegio Mayor de San Ildefonso pertenecen más de la mitad de los incunables complutenses, 393 ejemplares, que debieron ingresar en la colección en el siglo XVI ya que muchos ostentan la anotación manuscrita “Visto año de 1614”. Le siguen en importancia las colecciones procedentes del Colegio Teólogo, con 51 ejemplares, la mayoría con la firma del visitador, Juan Sánchez de Villegas, o del Colegio Máximo de la Compañía de Jesús de Alcalá, con 48 ejemplares, incorporados al Colegio Mayor a finales del siglo XVIII.
Los fondos incunables procedentes de otras instituciones de enseñanza creadas en Madrid en el siglo XVII o XVIII son significativamente inferiores en número, algo lógico si pensamos que la mayor parte de los ejemplares del siglo XV estaría ya fuera de la circulación. La colección del Colegio Imperial de Madrid supera los 54 ejemplares, a los que hay que sumar 32 de la Casa Profesa y los 10 del Noviciado, cuyas bibliotecas se fusionaron en 1767 en los Reales Estudios de San Isidro, tras la expulsión de los Jesuitas. Los procedentes del Real Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos alcanzan los 22 ejemplares, aunque muchos se trasladaron allí en el siglo XIX.
Los incunables procedentes de la adquisición o donación de bibliotecas particulares son también notables. Descuellan por su número y valor los 12 ejemplares de Alonso Martínez Espadero, Oidor del Consejo de Indias, los 7 ejemplares de la Biblioteca del Duque de Osuna o los 8 de la Biblioteca de la Condesa de Campo Alange. Ambas colecciones nobiliarias fueron adquiridas por el Estado a finales del siglo XIX y repartidas por diistintas bibliotecas estatales. También destacan algunos ejemplares pertenecientes a colecciones formadas por médicos bibliófilos.
