En su juventud fue soldado en Flandes, llegando a alcanzar el puesto de oficial de la Secretaría de Estado y Guerra en Bruselas. De regreso a España, fue encargado de ordenar las compañías de Reales Guardias de Corps y los regimientos de Infantería española y valona. Ocupaciones que, sin duda le sirvieron para desarrollar sus dotes de organización que luego puso en práctica en la Biblioteca Real. Estudió en el Colegio Mayor de San Ildefonso de Alcalá de Henares, donde se licenció en Filosofía y Leyes. Allí empezó a ocuparse de las bibliotecas, cuidándose de la ordenación y servicio de la del mencionado Colegio. Se ordenó sacerdote, y ocupó la plaza de canónigo doctoral de Segovia. El 4 de marzo de 1745 firmó, como canónigo doctoral de la Iglesia de Segovia, la aprobación del tomo segundo de las Cartas eruditas y curiosas de Feijoo.

En 1751 el jesuita Francisco Rávago, director de la Real Biblioteca y confesor de Fernando VI, le nombra bibliotecario mayor, por fallecimiento de Blas Antonio Nasarre. Al año siguiente, Juan de Santander fue elegido académico honorario de la Real Academia de Nobles Artes de San Fernando. 

En 1761 fue nombrado del Consejo de Su Majestad en el de la Suprema y General Inquisición.

Real Academia de la Historia

Nombres alternativos:

Santander, Juan de (n. 1712)

Santander Zorrilla, Juan Manuel de