Los libros de la Biblioteca Histórica han servido durante siglos al estudio y la investigación, desde sus orígenes en la Universidad de Alcalá de Henares en tiempos de Cisneros o en el Colegio Imperial de los Jesuitas de Madrid y resto de instituciones científicas que conformaron la Universidad. El uso tan prolongado de la colección ha dado lugar a que muchos libros presenten el correspondiente desgaste con deterioros físicos en las encuadernaciones y cuerpo de hojas. Pero la causa de deterioro más importante sin duda fue la Guerra Civil Española que golpeó de lleno en la Facultad de Filosofía y Letras, que albergaba la mayor parte del patrimonio bibliográfico de la Universidad de Madrid.
Actualmente el uso de la colección es más restringido, con un alto número de ejemplares digitalizados que pueden ser consultados a distancia, pero otros no pueden ser digitalizados y difícilmente consultados por su estado, por lo que deben repararse. El equipo de conservadores-restauradores del Departamento lo lleva a cabo respetando las normas éticas adoptadas universalmente para los tratamientos sobre objetos del Patrimonio Cultural, que básicamente son: Intervención mínima, uso de técnicas previamente testadas, uso de materiales inocuos y documentación exhaustiva de los procesos. Los tratamientos deben modificar en la menor medida posible los valores originales conservados y adquiridos a lo largo de la Historia; permitir el uso seguro de los volúmenes y ampliar, en la medida de lo posible, la expectativa de vida útil de soportes y tintas químicamente inestables. Algunas intervenciones en libros patrimoniales son únicamente para reparar pequeños desperfectos y otras, sobre libros muy deteriorados, incluyen tratamientos más complejos de restauración. También las reparaciones en libros más comunes ha de hacerse con criterios adecuados y materiales estables y duraderos.