Un capítulo clave para la preservación de las colecciones es su protección ante el desgaste físico durante todas las actividades en las que los ejemplares estén implicados: almacenamiento, consulta en sala, catalogación, exposiciones y digitalización.  

La sala de consulta de la Biblioteca Histórica está provista de material adecuado para la protección de los ejemplares durante su consulta, como atriles y pesos tipo “serpiente”. Asimismo se indica el uso de guantes para la manipulación del material más sensible.

La protección por excelencia en el almacenaje y el desplazamiento interior de los libros, es brindada por las cajas de conservación, confeccionadas a medida para cada volumen en el departamento. La protección que proporcionan las cajas se extiende a otros agentes como: luz, fluctuaciones de humedad, polvo, contaminantes o del humo, en el hipotético caso de un incendio. 

El Departamento de Conservación realiza campañas de revisión sistemática de los Fondos para detectar necesidades especiales de protección en libros sensibles o muy deteriorados, los cuales son protegidos en cajas o protecciones provisionales, más económicas en cuanto a tiempo y materiales.