La Biblioteca Histórica guarda un conjunto significativo de fondos bibliograficos y documentales relacionados directamente con la propia Historia de la Universidad y las instituciones de las que es heredera. Aunque se pueden destacar algunos impresos o manuscritos sobre la antigua Universidad de Alcalá y el Colegio Imperial de los Jesuitas dispersos por las diversas colecciones, este fondo está constituido actualmente con documentos generados por la Biblioteca Complutense a lo largo de los dos últimos siglos -catálogos, inventarios o memorias-,  en cumplimiento del artículo 106 del Reglamento de la Biblioteca (Consejo de Gobierno de 5 de diciembre de 2006) que establece que los Fondos de la colección local de la Universidad Complutense de Madrid estan compuestos por: a. Publicaciones editadas por la Universidad,  b. Fondos que hacen referencia a la Universidad, c. Tesis doctorales presentadas en la Universidad. El grueso de la documentación administrativa generada por la Universidad y la Biblioteca Complutense se guarda en el Archivo Histórico Nacional y en el Archivo General de la Universidad Complutense.