Se denominan manuscritos bibliográficos aquellos que ofrecen información sobre los libros y documentos existentes en la biblioteca, su historia, su incorporación a la colección, y otras circunstancias que les afectan. En el caso de los que se refieren a la Biblioteca Histórica de la Universidad Complutense de Madrid, se trata de un conjunto compuesto, en su mayor parte, por repertorios bibliográficos -catálogos, índices e inventarios de bibliotecas-, aunque se han incluído también otros documentos de tipo administrativo, como listas de libros, actas de entrega o donación, documentos contables, etc. 

Se trata de los índices e inventarios de las instituciones que han aportado sus fondos a la biblioteca: el Colegio Mayor de San Ildefonso y los colegios menores de la Universidad de Alcalá de Henares, la Biblioteca Complutense de la misma Universidad cisneriana, la Escuela Superior de Diplomática, la Escuela de Veterinaria, los Reales Colegios de Cirugía y de Farmacia y los Reales Estudios de San Isidro. También incluye los catálogos e inventarios, memorias, etc. que se refieren a los fondos bibliográficos de la Universidad, entonces Universidad Central, en los siglos XIX y principios del XX, tanto de la Biblioteca General como de las Facultades de Farmacia, Filosofía y Letras y Medicina.

Mención aparte merecen los inventarios de las bibliotecas particulares o colecciones de libros que se han ido incorporando a la Universidad por donación o compra, muchas de ellas de profesores de la misma, y que, al igual que los anteriores, constituyen una fuente imprescindible para la reconstruccion de las colecciones -dentro del campo de la investigación sobre procedencias- y para el estudio de la historia de la ciencia y del pensamiento. 

Index universae bibliothecae Collegii Complutensis. [BH MSS 313]