Procedencia:

El conjunto más valioso e importante son los 150 códices de los siglos IX al XVI, en gran parte procedentes del lote fundacional adquirido por el Cardenal Cisneros para el Colegio Mayor de San Ildefonso y la edición de la Biblia Políglota Complutense. Del Colegio Mayor y otros centros de la Universidad de Alcalá hay un conjunto significativo y variado de manuscritos de los siglos XVI al XVIII, de diversas materias. Trasladados a Madrid, estos fondos fueron enriquecidos en la Biblioteca de la Facultad de Derecho con otros procedentes de bibliotecas particulares como las de Camacho, Pacheco, Ureña Montalván, etc. 

Los manuscritos procedentes del Colegio Imperial y otros centros jesuitas son muy pocos, ya que se trasladaron, en el siglo XIX, a la Academia de la Historia. No obstante, su heredera, la Biblioteca de la Facultad de Filosofía y Letras logró enriquecer su colección con nuevas aportaciones, en los que descuellan algunos códices y manuscritos musicales, entre otros.

No obstante, el núcleo más numeroso está formado por los manuscritos reunidos en los colegios profesionales creados en el siglo XVIII. De la Facultad de Medicina proceden más de 1.000 ejemplares, buena parte de ellos memorias y disertaciones leídas en las sesiones del Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos. Del Real Colegio de Farmacia y la Escuela de Veterinaria también se conservan numerosos manuscritos con disertaciones y trabajos de los siglos XVIII y XIX.