La colección de manuscritos de la Biblioteca Complutense es, con casi 11.000 documentos, una de las más notables de entre las bibliotecas universitarias españolas tanto desde el punto de vista cuantitativo como cualitativo. De ellos, la Biblioteca Histórica reúne más de 6.000. Dentro de la colección destacan los 149 códices medievales de la colección cisneriana y los más de mil manuscritos de los siglos XVI al XVIII.

Procedencia de los manuscritos:

El conjunto más valioso e importante son los 147 códices de los siglos IX al XVI, en gran parte procedentes del lote fundacional adquirido por el Cardenal Cisneros para el Colegio Mayor de San Ildefonso y la edición de la Biblia Políglota Complutense. En la Guerra Civil se destruyeron una docena de códices. Del Colegio Mayor y otros centros de la Universidad de Alcalá hay un conjunto significativo y variado de manuscritos de los siglos XVI al XVIII, de diversas materias. Trasladados a Madrid, estos fondos fueron enriquecidos en la Biblioteca de la Facultad de Derecho con otros procedentes de bibliotecas particulares como las de Camacho, Pacheco, Ureña Montalván, etc. 

Los manuscritos procedentes del Colegio Imperial y otros centros jesuitas son muy pocos, ya que se trasladaron, en el siglo XIX, a la Academia de la Historia. No obstante, su heredera, la Biblioteca de la Facultad de Filosofía y Letras logró enriquecer su colección con nuevas aportaciones, entre los que descuellan algunos códices y manuscritos musicales, entre otros.

No obstante, el núcleo más numeroso está formado por los manuscritos reunidos en los colegios profesionales creados en el siglo XVIII. De la Facultad de Medicina proceden más de 1.000 ejemplares, buena parte de ellos memorias y disertaciones leídas en las sesiones del Colegio de Medicina y Cirugía de San Carlos. Del Real Colegio de Farmacia y la Escuela de Veterinaria también se conservan numerosos manuscritos con disertaciones y trabajos de los siglos XVIII y XIX.

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