La colección de manuscritos médicos de la Biblioteca Histórica proceden en su mayoría del Colegio Mayor de San Ildefonso de Alcalá de Henares y de Real colegio de Cirugía de San Carlos. Los manuscritos árabes médicos que Cisneros rescató tras la conquista de Orán y Granada y que figuran en los primeros inventarios de la Biblioteca, lamentablemente no se han conservado.

Uno de los manuscritos médicos más importantes que se conservan en la Biblioteca Histórica, La materia medicinal de la Nueva España [BH MSS 624] de debe a Francisco Hernández, médico de cámara de Felipe II, a quien el rey nombró protomédico general de las Indias con la misión de reunir la flora del Nuevo Mundo. En esta obra Hernandez recopila una gran cantidad de información de la botánica medicinal  y la historia natural de  la zona que recorrión durante los años que duró su expedición.

El Real colegio de Cirugía de San Carlos se fundó en 1780 por Carlos III y, en 1845 tras el Plan Pidad de reforma de la enseñanza, los antiguos colegios de Medicina y Cirugía de San Carlos se convertirán en la Facultad de Medicina de la Universidad de Madrid. De su colección de manuscritos hay que destacar el conjunto formado por las Memorias y Censuras de la Juntas Literarias del Real Colegio de Cirugía de San Carlos. Las Juntas Literarias se celebraban semanalmente los jueves y en ellas se presentaban casos clínicos de interés para los alumnos que daban lugar a una discusión y posterior  censura de los profesores. Esta colección recoge hasta 546 observaciones de casos clínicos junto con sus censuras desde 1789 a 1834.

Francisco Hernández.
Materia medicinal de la Nueua España.
[BH MSS 624]