Manuscritos modernos
La colección de manuscritos modernos de los siglos XVI al XVIII es muy variada y destacaría el volumen de los sermones autógrafos de Santo Tomás de Villanueva, además de diversos textos teológicos y jurídicos. Son destacables, también, los manuscritos musicales como la Missa de Cristóbal de Medrano, El Cantor instruido de Manuel Cavaza o algunos tratados procedentes de la colección Francisco Guerra.
Entre las obras históricas la Biblioteca Complutense posee una copia de las cartas de sor María Jesús de Agreda a Felipe IV, algunas crónicas, el interesante Memorial a Carlos III sobre los Colegios Mayores de Pérez Bayer de 1769 o una notable colección de manuscritos bibliográficos, especialmente inventarios o índices antiguos. Finalmente, de tema médico, uno de los manuscritos más importantes es la Materia medicinal de la Nueva España escrito por Francisco Hernández, en el siglo XVI.
Francisco Hernandez.
Materia medicinal de la Nueva España. [BH MSS 624]