Los manuscritos latinos que han sobrevivido son 110, de los cuales el más antiguo conservado en la Biblioteca Complutense es el precioso poema caligráfico de Rabano Mauro De laudibus crucis, (BH MSS 131) fechado en el siglo IX, con bellas iluminaciones a base de formas geométricas y colores que es uno de los grandes tesoros complutenses. En esa categoría hay que incluir, además, la Biblia visigótica del siglo XIX (BH MSS 31) dado que, aunque muy deteriorada en la Guerra Civil, es la única que ha llegado hasta nosotros (la BH MSS 32 se perdió completamente); o el Breviarium historiae catholicae de Rodrigo Jiménez de Rada, una Biblia historial del siglo XIII o XIV que conserva una magnífica representación del arca de Noé (BH MSS 138). Otras materias bien representadas son la Teología, con Biblias, comentarios bíblicos, obras patrísticas de san Jerónimo o Beda, o medievales como Bernardo de Claraval o Pedro Lombardo; el Derecho con varios tratados jurídicos de derecho canónico y civil; la Filosofía, con obras de Aristóteles, Raimundo Lulio o Guillermo de Ockam; la Medicina y otras ciencias, con obras de Gilberto Ánglico, Avenzoar, o Pietro de Crescenzi; y la Historia, con obras de César, Floro, Justino, en muchos casos en copias de gran valor y belleza. Con anotaciones musicales destaca, entre otros, el manuscrito de la Regula sancti Augustini (BH MSS 98).

Los manuscritos castellanos son más escasos, solo 13, pero entre ellos se incluye el códice más emblemático de la colección, el Libro del Saber de Astrología de Alfonso x el Sabio (BH MSS 156), una recopilación de dieciséis tratados árabes dedicados a la ciencia de los astros y a los instrumentos para su estudio, en traducciones hechas del arameo y del árabe por un grupo de judíos, cristianos y musulmanes, siempre con la intervención directa del rey para conseguir un lenguaje castellano más correcto. Magníficamente ilustrado, con iniciales, orlas e instrumentos como los astrolabios, este libro es, sin duda, una de las más importantes obras científicas de la España medieval. El Libro de las donas de Francesc Eiximenis (BH MSS 153) o las Siete edades del mundo de Pablo de Santa María (BH MSS 157) son otros manuscritos muy relevantes del conjunto en castellano.