Entre los manuscritos litúrgicos de los siglos XVI y XVIII destaca la Missa voce mea cum sex vocibus, de Cristobal de Medrano.

Un ejemplo de tratado de enseñanza musical es El cantor instruido, de Manuel Cavaza, del siglo XVIII.

Recientemente se han incorporado a la Biblioteca Histórica, procedentes del Instituto Complutense de Estudios Musicales, el Archivo Jacinto Guerrero y una colección de partituras manuscritas que pertenecieron a la Casa Editorial Vidal Llimona y Boceta, que incluye sobre todo repertorio operístico del siglo XIX, pero también zarzuela y obras para piano y conjunto de cuerda.