Las relaciones entre estas  instituciones no fueron siempre fáciles, las universidades medievales fueron en su mayor parte creadas por la Iglesia, pero casi desde el primer momento la Corona quiso tenerlas bajo su control de una u otra manera, o al menos controlar su actividad, recordemos que tenían un fuero especial que protegía a su claustro de profesores y a sus alumnos de la justicia ordinaria, lo cual en algunas ocasiones dio lugar a más de un conflicto con las autoridades locales, recordemos que Alcalá era lugar de señorío eclesiástico, la universidad tenía su propia jurisdicción exenta de la de la mitra toledana, pero el rey era además patrono de la institución, lo cual complicaba su funcionamiento. Los principales problemas se produjeron tras la muerte de Cisneros dejaba a la Universidad huérfana, el nuevo arzobispo de Toledo (1523), Alonso de Fonseca y Ulloa, decidió controlar más de cerca la creación cisneriana, e intentó reducir la autonomía de gobierno y de diseño de los estudios. Tras su muerte (1534), la misma línea de actuación siguieron sus sucesores, los cardenales Juan Tavera y Juan Martínez Siliceo. Éste último, fue recibido con grandes esperanzas por la universidad en 1546, pero fue, sin duda, quien más limitó sus atribuciones y derechos. 

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Encuadernaciónes  platerescas (1540 y 1545) UCM	Publica laetitia (1546) UCM
Commentaria in Genesim. (1555) UCM	Edicto del Rector del Colegio de San Ildefonso  (1512) BNE