Con respecto a la relación de la Academia Complutense con Carlos V, tras apoyar la universidad la rebelión comunera (1520-1521), el Claustro se esforzó por reconducir sus relaciones con el monarca, ante el riesgo de que éste potenciara a Salamanca sobre Alcalá.  Para ello no dudó en colocar a la universidad al frente del movimiento erasmista, buscó el amparo regio frente al poder arzobispal y manifestó, por último, un gran interés por la educación del heredero, el futuro Felipe II, quien visitaría las aulas complutenses en 1540.

Cuando en 1553 se terminó de construir la fachada del Colegio de San Ildefonso, inaugurada con gran aparato y luminarias, todo el revestimiento plateresco del edificio puede considerarse como un símbolo de la lucha de la institución académica por defender la autonomía que le había entregado Cisneros . El escudo imperial de Carlos V ocupa el espacio central de la fachada, no el de los arzobispos Tavera o Silíceo, y en la parte superior de la misma una figura en bajorrelieve de Dios Padre presidía todo el aparato decorativo.

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Leone Leoni. Busto de Carlos V. (Siglo XX). UCM	Coronica del sancto rey don Fernando (1516). UCM
Fernán Pérez de Guzmán; Álvar García de Santa María. Crónica del rey don Juan el Segundo (1517). UCM	Juan de Valladolid. Rhetorica en lengua Castellana (1541). UCM

El príncipe Felipe ante los caminos del del Bien y del Mal (1546). UCM