Tras la muerte de Cisneros (1517) pareció que su universidad podía desaparecer: en 1520 la misma se posicionó a favor de la rebelión comunera, la villa no estaba muy contenta con los problemas que ocasionaban los estudiantes a los vecinos (ya entonces se barajó su traslado a Madrid), y los siguientes arzobispos de Toledo pugnaron por someter a la universidad bajo su control. Sin embargo, el “espíritu” de la Políglota resistió a todas estas amenazas. En gran parte se debió a que sus profesores y estudiantes constituyeron una comunidad de enorme fortaleza y complejidad. Sobre su vida y estudios se ha querido ofrecer una panorámica selecta, en la que documentos, apuntes escolares, cartas y procesos inquisitoriales nos permiten con su exhibición conocer cómo, en aquella época los estudiantes complutenses protagonizaron una extraordinaria peripecia intelectual. No sería hasta 1559, cuando se produjo el gran cambio cultural y religioso de la Contrarreforma, cuando los ideales espirituales y humanísticos que habían fundamentado la enseñanza en Alcalá desde época cisneriana perdieron su vigencia.  

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Carta de García Manrique al Rector de la Universidad de Alcalá (1548). AHN	Quaedam antiqua monumenta (1559). UCM
Billete con apunte en latín y castellano de un estudiante de Alcalá (ca. 1518). AHN	Billete  con redondilla amorosa del bachiller Vallejo (1538). AHN
Proceso de fe de Alonso de Rueda, natural y vecino de Toledo, estudiante en Alcalá de Henares, por blasfemias (1535). AHN	Proceso de fe de Pedro Ruiz, natural de Tarazona (Zaragoza), estudiante de Alcalá de Henares, por blasfemias (1535). AHN